本廟後殿考證模擬圖（李乾朗繪）
艋舺清水巖座東朝西，原來完整的建築格局具備三川殿、正殿，以及祀奉文昌、天上聖母的後殿。
雖然後殿在1940年代年坍塌後因種種緣故目前尚未能重建，但在清同治年間，艋舺清水巖就在地方仕紳的倡議支持下興辦了義塾，並將後殿作為教育貧困兒童基本識讀能力的場所。直到日治時期，後殿更陸續被借作國語學校附屬學校(今臺北市立老松國民小學)、臺北州立第三高等女子學校(今臺北市立中山女子高級中學) 、龍山國小、臺北州立第二中學(今臺北市立成功高級中学)，與艋舺幼稚園之教室使用。
甚至在1915年時，台灣總督府圖書館更是將臨時事務所設於本廟後殿。因此艋舺清水巖祖師廟後殿(又稱「文昌殿」)無論在文化歷史或空間功能上都有著舉足輕重的價值與意義。
祖師廟後殿自1940年代毀損後，包括龍柱、柱礎等原石構建一直留存在正殿後方，部分成為戰後違建的建材，部分堆疊在地上。本廟在1990~2009年才得以逐步整頓戰後違建，並將這些構件清理、展示於正殿後方。
2013年本廟委託社團法人打里摺文化協會，辦理後殿基地考古試掘計畫。此次考古挖掘，使得隱藏在地下的後殿地坪與石牆顯露出來，證實了後殿部分的地面層，後殿的牆基、鋪面尚保留在後殿的空間。
艋舺清水巖作為國語學校附屬公學校臨時校舍（今老松國小），1896年攝
總督府圖書館臨時事務所，設於艋舺清水巖後殿，1915年攝
萬華幼稚園於艋舺清水巖的成園合影，1930年攝資料來源：《典藏艋舺歲月》
