艋舺清水巖自1787年創建以來主祀清水祖師。 另包括陪祀道童—楊道、周明、一果、西筑、駕前四大護法—張將軍、黃將軍、蘇將軍、李將軍，及 天上聖母、文昌帝君、關聖帝君、土地公、千里眼與順風耳、周倉與關平等神像亦在清治期間即 已奉祀。 目前艋舺清水巖空間配置有正殿、文昌殿與地藏殿。 正殿奉祀清水祖師、天上聖母、關聖帝君、南無觀音佛祖、福德正神。 文昌殿奉祀文昌帝君、大魁夫子、至聖先師。 地藏殿奉祀地藏王菩薩、尚義公與清水巖住持牌位。
