正殿剖面透視圖（李乾朗繪）
正殿為艋舺清水巖祖師廟最開闊高大的殿堂。 目前殿内除了有本廟主祀之清水祖師。並奉祀有天上聖母、關聖帝君、南海觀音佛祖及福德正神。 另外，本殿配祀有清水祖師四大道童與四大護法。應是台灣的祖師廟中，對規格講究最嚴謹的配置。
