本廟後殿考證模擬圖（李乾朗繪）
艋舺清水巖座東朝西，原來完整的建築格局具備三川殿、正殿，以及祀奉文昌、天上聖母的後殿。
雖然後殿在1940年代年坍塌後因種種緣故目前尚未能重建，但在清同治年間，艋舺清水巖就在地方仕紳的倡議支持下興辦了義塾，並將後殿作為教育貧困兒童基本識讀能力的場所。直到日治時期，後殿更陸續被借作國語學校附屬學校(今臺北市立老松國民小學)、臺北州立第三高等女子學校(今臺北市立中山女子高級中學) 、龍山國小、臺北州立第二中學(今臺北市立成功高級中学)，與艋舺幼稚園之教室使用。
甚至在1915年時，台灣總督府圖書館更是將臨時事務所設於本廟後殿。因此艋舺清水巖祖師廟後殿(又稱「文昌殿」)無論在文化歷史或空間功能上都有著舉足輕重的價值與意義。
祖師廟後殿自1940年代毀損後，包括龍柱、柱礎等原石構建一直留存在正殿後方，部分成為戰後違建的建材，部分堆疊在地上。本廟在1990~2009年才得以逐步整頓戰後違建，並將這些構件清理、展示於正殿後方。
2013年本廟委託社團法人打里摺文化協會，辦理後殿基地考古試掘計畫。此次考古挖掘，使得隱藏在地下的後殿地坪與石牆顯露出來，證實了後殿部分的地面層，後殿的牆基、鋪面尚保留在後殿的空間。
艋舺清水巖作為國語學校附屬公學校臨時校舍（今老松國小），1896年攝
總督府圖書館臨時事務所，設於艋舺清水巖後殿，1915年攝
萬華幼稚園於艋舺清水巖的成園合影，1930年攝資料來源：《典藏艋舺歲月》
艋舺清水巖地藏殿除了供奉地藏王菩薩、清水巖歷代沙門住持牌位，還有一座對祖師廟歷史來說相當重要的「昭義祠尚義公暨總列神位」。1853年，艋舺發生了台北開發史上影響相當重大的械鬥事件—頂下郊拼。以黃龍安為首的三邑人(泉州晉江、惠安、南安人，合稱三邑，三邑商人，稱做「頂郊」)與林佑藻為首的同安人(同安人主要在廈門做貿易，故稱「廈(下)郊」)為了爭奪艋舺碼頭利益，而發生大規模械鬥事件。而位處三邑與同安聚落(八甲庄)之間，由安溪人所建的艋舺清水巖祖師廟因地處樞紐，因此三邑人為借道攻入八甲庄而先攻艋舺祖師廟。「昭義祠尚義公暨總列神位」即為當時死守清水巖的18位寺廟壯丁之靈位。由於形勢比人強，因此由祖師廟董事白其祥代表交涉，爭取了將廟內神像遷出後才借道三邑人進攻。而艋舺清水巖也在此番鬥爭中被燒毀摧折，直至1867年才得聚足資金重建。
艋舺清水巖自清同治年間就創辦過義塾，日治時期則曾作為總督府圖書館籌備處，且先後孕育了老松國小(國語學校附屬學校)、中山女高(臺北州立第三高等女子學校)、龍山國小、成功高中(臺北州立第二中學)、艋舺幼稚園等教育機構的創立，可說是台北文教發展的重要淵源地。
因此艋舺清水巖自清朝即祀奉的文昌殿陣容相當齊全，包含文昌帝君、大魁夫子與配祀的朱衣神君、金甲神君、劍僮(地啞)、書僮(天聾)及都是清時期及奉祀的神尊。而廣為人知的至聖先師—孔子，則是戰後開始祀奉。
從艋舺祖師廟正殿後方留存的一對由清溪鄭姓眾弟子仝敬奉的龍柱可知，祖師廟祀奉文昌至少始於咸豐丁巳年（1857年），可能是台北供奉文昌最早的廟宇之一。文昌原指象徵文學的星官，後在民間逐漸衍伸為保護文運、考試與官祿的「梓潼帝君」信仰，而尊稱為「文昌帝君」。讀書人祭拜文昌帝君，祈求能金榜題名，學業成就，扶持學子安定身心，而公教人員、上班族祭拜文昌帝君，則祈願工作升遷、仕途如意。文昌帝君一般身著官服、手持玉板或筆、書、扇。本廟文昌帝君手持玉如意，是為「如意文昌」。
◆ 允文允武-朱衣神與金甲神
金甲神君
朱衣神君
過去科舉制度有文、武兩類應試管道，因此在本廟的文昌帝君身旁，配祀的朱衣神君與金甲神君，即為文武雙全的祈福陣容。手持「金榜題名」的朱衣神君，主文運功名。其信仰淵源據說與歐陽修主持考試時的發現有關。《堯山堂外紀》<卷四十八宋>記載：「歐陽公知貢舉日，每遇閱卷，坐後常覺一朱衣人，若點頭，則其文入格，始疑侍史，及回視之，一無所見，因語同列，為之三歎，嘗有句云：『惟准願朱衣』。
歐陽修發現，自己在主持考試時閱卷，常常感覺身後有位紅衣人，凡是被這位紅衣人點頭的文章，都能入選。一開始以為是侍者，但回頭看卻消失了。因而古時候的讀書人相信，敬拜朱衣神君能為自己的文科考運加持。
而站在文昌帝君另一側，身著軍甲、手持令旗的則稱為金甲神君，又稱「韋馱天」或「韋馱菩薩」，傳說是位力大無窮、健步如飛、戰鬥力無窮的戰神。因此古代要參加武舉的考生，常會敬拜金甲神君，以期取得佳績。換作現代，則常見信徒在參加體育競技或晉級考試時前來參拜。
◆ 進仕所慎-天聾與地啞
地啞
天聾
在朱衣與金甲神君旁，則又見兩侍僮-執書的「天聾」與執劍的「地啞」。《堅瓠八集》．卷四．<天聾地啞>如此寫道：「文昌帝君從者曰『天聾』、『地啞』。蓋帝君不欲人之聰明盡用故假聾啞以寓意。夫天地豈可以聾啞哉?不聰不明不能為王、不瞽不聾不能為公。」意思是文昌帝君作為一個主掌文運、利祿的神祇，身旁的侍僮又豈可能盲目、愚昧呢?這樣的配置主要是為提醒讀書人於追求進仕之途，凡事應審慎視聽、不輕率妄言。
大魁夫子
「魁星」與「文昌」相同，都是源自於對星辰的崇拜，且因為魁星被認為就是北斗七星之首的天樞星，所以很早就被讀書人賦與「取得榜首」的意象，視為考取功名、取得佳績的重要守護神，而位列五文昌之一、尊稱「大魁夫子」。由於原本是星辰信仰，因此據說大魁夫子的神像造型其實是根據「魁」這個字所塑造出來的。跳脫一般常見的儒生、文武官員的神明形象，大魁夫子不僅有著齜牙咧嘴、生毛帶角的鬼面，體態造型也相當生動活潑。祂右手舉筆、左手持墨、右腳單腳站立在鰲魚之上，並抬左腿向後踢斗，意謂「魁星踢斗、獨占鰲頭」。過去的科舉考試最終試是由皇帝親自主持的殿試，凡是通過考試的新科進士以上都能在太和殿接受表彰。而其中的榜首(狀元)所站的位置正好就刻著巨形鰲魚，因此「獨占鰲頭」即有高中狀元的吉祥寓意。
右護龍地藏殿
右護龍文昌殿
本廟文昌帝君原奉祀於後殿，但1940年後殿毀損後，由於各種因素而遲遲未能重建，因此過去一直將本廟所有神明集中在正殿奉祀。
1949年國共內戰(Chinese Civil War)失利，一時間大批移民及軍眷隨戰敗的國民政府撤退來台而無棲身之所，三十餘戶國民軍與移民佔據本廟兩廡，並在後殿土地搭建違建居住。1971年，本廟右護室又因長沙街拓寬計畫而再被徵收拆去局部。
雖然本廟目前仍努力爭取回右護龍早年被徵收強拆之空間，但為使神明奉祀空間得到妥善的配置，因此在2024年1月，本廟已將右護龍完成初步的修復整頓，並設置啟用文昌殿與地藏殿，讓信眾得以近距離向神明祈願參拜。
1940年本廟後殿毀損後，長期將神明集中在正殿奉祀
艋舺清水巖此件八仙桌為昭和時期由新竹陳油桂與萬華許山牛兩派匠師所共同施作之作品。全件共分三部分—中間主桌，與兩側可推合收納之副桌。由於左右兩副桌外側所雕圖樣設計與功法有明顯差異，推斷應為做對場之作。
右側副桌外側
左側副桌外側
本件八仙桌主桌尺寸寬175公分、深125公分、高106.5公分。兩側副桌尺寸寬66.5公分、深125公分、高106.5公分。據學者研究，目前台灣常見之廟宇八仙桌約可劃分為幾個時期的形制演進，而本八仙桌屬於日治大正、昭和年代才出現之玻璃櫥窗式木雕桌裙。
此八仙桌目前保存於艋舺清水巖祖師廟正殿內，其桌裙為數個細緻的立體木雕故事(傳統稱之為「齣頭」)及吉祥圖案所組成。除了有多個獨立人物木雕以彈簧或竹釘固定於底板與背景上，更可在整件作品上看到各種上彩、上墨、安金與水鑽鑲嵌妝點、螺鈿與榫接等精湛之技法。
本廟昭和八仙桌齣頭及作者落款位置分布落款1、2、3、5為萬華許山牛，落款4為新竹陳油桂。
多塊獨立木頭組合
以竹釘卡榫之組裝技法
八仙以彈簧連結於龍柱之上
亭景多處榫接構成
裙頭邊框雕花
裙頭與裙身邊框以多種雕花組合
多處鑲嵌水鑽
邊框雕刻之下撒螺鈿
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齣頭:舞獅戲(局部)
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齣頭:甘露寺招親(局部)
1884年8月5日，法軍戰艦強攻基隆，卻遭清軍防守與伏擊而敗退。10月初，法艦再攻台灣，攻下基隆後再搶灘淡水。當時台灣總兵章高元、漳州總兵孫開華領兵力抗法軍進攻。據聞當時孫開華曾迎請清水巖蓬萊祖師(落鼻祖師)至淡水助戰，最後法軍不支撤退。因而被認為助戰有功，由劉銘傳上奏光緒皇帝請頒匾額，頒獲此「功資拯濟」匾。
此匾主文「功資拯濟」四字為施以黑漆的立體陽刻楷書字體，匾額中央上方有「光緒御筆之寶」浮雕御璽，6字方框外繞雙龍紋，為篆書字體。匾面背景以粉線裝飾海浪、雙龍吐水、暗八仙並貼金。
匾額邊框施以貼金浮雕龍紋，上框中央為一正面朝前龍首咬印、左右一對雙龍側身面向中間，左框與右框為對稱二對升龍，下框中央為海浪、山石、二朵花，左右側為一對雙龍側身面向中間。
「即是清水」匾背景為綠底灑以螺鈿，主文四字是表面平整的貼金陽刻，邊框背景為紅底灑以螺鈿並施以龍紋透雕，上框中央為一正面龍首、左右一對雙龍側身面朝中央，底框則為雙龍搶珠。
左側上落款「同治戊辰年仲冬穀旦」、右側下落款「安邑衆等仝敬立」均為楷書字體。是頂下郊拚後，祖師廟募得款項重建，並經歷蓬萊老祖留台後由安溪信徒於同治八年(西元1869年)所立。
「慈雲慧日」匾為1882年時由雲貴總督岑毓英所帶領的黔軍部將段時行、劉鳳章共同獻立的匾額。
主文字為金漆楷書字體、背景為黑漆，右側落款「陞用副將管帶黔軍駐防台北固勇巴圖魯段時行欽加副將銜幫帶黔軍駐防台北補用遊擊劉鳳章 仝立 」；左側落款「丁酉年荔月重修 光緒壬午歲季夏月上浣 殼旦敬」。
「慈雲、慧日」分別引自南朝梁．簡文帝《大法頌》及《妙法蓮花經》，意為讚頌清水祖師智慧與恩慈庇蔭眾生。
錫製祭具是一門精緻的傳統工藝，在台灣已沒落許久。
祖師廟正殿這座燭台材質為木身立燭、錫身燭台、木製中柱、木製底座。整體為69*69*320公分(長*寬*高)。為光緒己卯年(西元1879年)由王玉峰、王世瑛、陳脩業、李春朔、李壽庚等共同敬奉，並在甲辰年(1904或1964年)「陳水木 炉下 仝重修」。是罕見且珍貴的祭祀文物。
徐華蔓2009〈臺灣北部地區廟宇供桌裝飾研究〉所攝本廟同治年代八仙桌，桌裙為平面彩繪。
目前本廟同治年代八仙桌，原桌裙外又加裝玻璃櫥窗式立體桌裙。
八仙桌原指一般家庭常見的桌面較寬的正方形方桌，因每邊可坐兩人，故雅稱八仙桌。
並每逢佳節祭祀，此桌常會被舖上繡有喜慶圖示或神佛名號的桌裙、充作供桌使用，因此木作匠師在製作廟宇的供桌時，也衍伸設計出了長方形、面向信眾面之案下(匠師亦稱「桌裙」)做滿彩繪或木雕裝飾之八仙桌。
據學者研究，目前台灣常見之廟宇八仙桌大約可分為幾個演進形制，一是清朝時期常見的平面彩繪八仙桌，二是日治時期開始出現之玻璃櫥窗式木雕桌裙。本件八仙桌落款年代為同治壬申年(西元1872年)，應為目前北台灣廟宇中現存年資最高且仍持續在第一線服務神明與信眾的八仙桌。
現存於艋舺清水巖祖師廟的龍柱石雕皆為清代所立，一柱只雕一龍，並以圓雕技法展現。
正殿的石龍柱所用石材非常巨大、厚實，龍身粗壯、龍頭尺寸碩大、凸出柱身極多。是清代龍柱的精品之作。其龍頭在下、龍尾在上，是從天而降的「降龍柱」，具有「風調」之寓意。
此外，本廟正殿龍邊龍柱上的龍尾處兩端分別刻有兩個不同年代的落款。內殿側為「同治七年戊辰荔月吉旦」(西元1868年農曆七月)，向外側則為「丁酉年葭月吉旦」(西元1868年農曆十一月)。推測可能是經歷重建後的落款紀錄。
祖師廟正殿的降龍柱
丁酉年葭月吉旦
同治七年戊辰荔月吉旦
在艋舺清水巖正殿通往左右護龍的門額上，大家可以欣賞到本廟極為雅致的「蘭室」、「玉堂」書法窯後磚雕。
根據龍邊「蘭室」落款「同治庚午年花月」可知其製作年代為清同治九年(西元1870年)農曆二月(古代農曆二月初二為「花朝節」，因而將「花月」作為二月之雅稱)，是頂下郊拚事件後、廟宇重建時的作品。
雖其命名者與取名原因已難以考證。但據研究，「蘭室」與「玉堂」兩詞彙皆能在中醫學典上找到關聯性。「蘭室」之名應源於《黃帝內經》〈靈蘭秘典〉中的「靈蘭之室」，意謂「與神靈相接、如蘭芬芳之境」；而「玉堂」在中醫穴位上則位於人體胸體骨正中點上，被視為「心神所居的尊貴處所」。
正殿龍邊次間前步口圓光門
正殿虎邊次間前步口圓光門
