「慈雲慧日」匾為1882年時由雲貴總督岑毓英所帶領的黔軍部將段時行、劉鳳章共同獻立的匾額。 主文字為金漆楷書字體、背景為黑漆，右側落款「陞用副將管帶黔軍駐防台北固勇巴圖魯段時行欽加副將銜幫帶黔軍駐防台北補用遊擊劉鳳章 仝立 」；左側落款「丁酉年荔月重修 光緒壬午歲季夏月上浣 殼旦敬」。 「慈雲、慧日」分別引自南朝梁．簡文帝《大法頌》及《妙法蓮花經》，意為讚頌清水祖師智慧與恩慈庇蔭眾生。
