本廟蓬萊老祖，又稱「落鼻祖師」，為本體高60公分之硬身木雕神像。其造型有別於一般常見福態造型神像，蓬萊老祖神像眼窩深邃、顴骨突出、下巴不僅戽斗，還有不明顯刀刻斷痕，鼻廓處則有令人能一眼辨識的落鼻傷跡。
關於清水祖師最早的落鼻傳說年代難以追究，但至少在乾隆22年(西元1757年)莊成所撰之《安溪縣志》是這樣記載: 「今像黧黑，被畬鬼煙薰致然也。又傳山寇至斵斷像鼻，僧人取以傅之，了然無跡。如有不愜，鼻輒不見；頃之，或得諸袍袖中，或得之胸腹前。」
根據本廟現存文件資料，蓬萊老祖即為清同治六年(西元1867年)起留在台灣供奉，並在同年施展落鼻神蹟。該年舊曆11月23日(12月18日)，蓬萊老祖被請去石門繞境，突然發生落鼻事件，引起周遭居民紛紛走告、出門圍觀。沒想到忽然一陣天搖地動，北海岸發生巨大規模地震，鄰近房屋全倒，但民眾都為爭睹落鼻神像出門，因此所幸無人傷亡。
之後在1884年10月，清法戰爭搶灘淡水、戰事告急之下，總兵孫開華特別迎請蓬萊老祖師至淡水助戰，最終法軍不支撤退。因此事後劉銘傳上奏朝廷，光緒皇帝親頒「功資拯濟」匾予蓬萊老祖。自此，落鼻祖師聲望益盛、深受信徒愛戴，故長年被各地信徒輪流迎請奉祀，直至近年，為保護老神像免受勞頓損傷，因而蓬萊老祖不再接受外界刈單迎請，僅於艋舺清水巖及淡水清水巖兩地輪流奉祀。農曆正、三、六、七、九、十一月在艋舺；二、四、五、八、十二月在淡水。
