本廟奉祀神明

清水祖師四文四武護法神
楊道禪師 周明禪師
一果禪師 西筑法師
張將軍 黃將軍
蘇將軍 李將軍

根據學者調查研究,在台灣的祖師廟中,艋舺清水巖對道童護法的配置規格最為講究。不僅左右有清水祖師的首席弟子楊道禪師、周明禪師,還有再興蓬萊山清水巖香火的一果禪師與西筑法師。
另外,據說清水祖師初到蓬萊山清水洞岩修道時,長受此山的四位山鬼侵擾,在與清水祖師正面鬥法後,山鬼們不敵祖師公法力而敗逃。然而四位山鬼卻仍心有不甘,因此在夜半又回到清水洞岩來,將岩洞口封死並縱火燒山。在燒了七天七夜、以為清水祖師必死無疑的情況下,山鬼們挪開了封緊岩洞的巨石。沒想到卻發現清水祖師仍然無恙的端坐,僅有臉被燻黑。
自此四大山鬼對清水祖師心悅誠服,自請為其護法,因而被封為張、黃、蘇、李四大護法將軍。並與四位道童,合稱清水祖師四文四武護法神。